Что делать, если убыток по разным валютным парам?

Вам следует запустить советника на всех валютных парах где есть убыток.

Но рекомендую изначально залокировать все позиции, что бы убыток не нарастал. Это можно сделать вручную или с помощью советника (запустить и его, дать открыть локирующую сделку и отключить). После локирования всех позиция следует запустить советника на одной валютной паре, и дождавшись когда убыток будет полностью закрыт, переключить его на следующую валютную пару.